Miguel Vazquez

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Coautores

Alfonso ValenciaICREA Professor. Barcelona Supercomputing Center.Dirección de correo verificada de bsc.es
Martin Krallinger*Head of Natural Language Processing for Biomedical Information Analysis (NLP4BIA), BarcelonaDirección de correo verificada de bsc.es
Ruben Nogales-CadenasSenior Bioinformatician at PerkinElmer Inc.Dirección de correo verificada de perkinelmer.com
Pedro Carmona-SáezUniversity of Granada & GENyO. (ORCID: 0000-0002-6173-7255)Dirección de correo verificada de ugr.es
Jose Maria CarazoProfessor, Spanish National Center for Biotechnology, CNB-CSICDirección de correo verificada de cnb.csic.es
Jose M G IzarzugazaNovo Nordisk, Bioinformatics and Data Mining DepartmentDirección de correo verificada de novonordisk.com
Angel RubioTECNUN, Universidad de Navarra, San SebastiánDirección de correo verificada de ceit.es
Rui AlvesProfessor, University of Lleida Medical SchoolDirección de correo verificada de cmb.udl.cat
Monica ChagoyenCentro Nacional de Biotecnologia (CNB-CSIC)Dirección de correo verificada de cnb.csic.es
Carlos Oscar S. Sorzano (ORCID:000...National Center of Biotechnology (CSIC)Dirección de correo verificada de cnb.csic.es
Daniel Tabas MadridIDBSDirección de correo verificada de idbs.com
Juan PavónUniversidad Complutense MadridDirección de correo verificada de fdi.ucm.es
Angel RubioDirector Max Planck for the Structure and Dynamics of Matter, Hamburg and Professor of Physics UHHDirección de correo verificada de mpsd.mpg.de
Pedro Latorre Carmona (ORCID:0000-...Associate professor - Depto Ingeniería Informática Universidad de Burgos (grid.23520.36Dirección de correo verificada de ubu.es

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Miguel Vazquez

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Pan-cancer analysis of whole genomes Nature 578 (7793), 82-93, 2020	2601*	2020
Exome sequencing identifies recurrent mutations of the splicing factor SF3B1 gene in chronic lymphocytic leukemia V Quesada, L Conde, N Villamor, GR Ordóñez, P Jares, L Bassaganyas, ... Nature genetics 44 (1), 47-52, 2012	1298	2012
GeneCodis: interpreting gene lists through enrichment analysis and integration of diverse biological information R Nogales-Cadenas, P Carmona-Saez, M Vazquez, C Vicente, X Yang, ... Nucleic acids research 37 (suppl_2), W317-W322, 2009	502	2009
The CHEMDNER corpus of chemicals and drugs and its annotation principles M Krallinger, O Rabal, F Leitner, M Vazquez, D Salgado, Z Lu, R Leaman, ... Journal of cheminformatics 7, 1-17, 2015	398	2015
Pathway and network analysis of cancer genomes Nature methods 12 (7), 615-621, 2015	388	2015
Recurrent inactivation of STAG2 in bladder cancer is not associated with aneuploidy C Balbás-Martínez, A Sagrera, E Carrillo-de-Santa-Pau, J Earl, ... Nature genetics 45 (12), 1464-1469, 2013	337	2013
CHEMDNER: The drugs and chemical names extraction challenge M Krallinger, F Leitner, O Rabal, M Vazquez, J Oyarzabal, A Valencia Journal of cheminformatics 7, 1-11, 2015	270	2015
The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text M Krallinger, M Vazquez, F Leitner, D Salgado, A Chatr-Aryamontri, ... BMC bioinformatics 12, 1-31, 2011	200	2011
Computational approaches to identify functional genetic variants in cancer genomes Nature methods 10 (8), 723-729, 2013	190	2013
Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts M Frenkel-Morgenstern, V Lacroix, I Ezkurdia, Y Levin, A Gabashvili, ... Genome research 22 (7), 1231-1242, 2012	176	2012
Expanding the coverage of regulons from high-confidence prior knowledge for accurate estimation of transcription factor activities S Müller-Dott, E Tsirvouli, M Vazquez, RO Ramirez Flores, ... Nucleic Acids Research 51 (20), 10934-10949, 2023	133	2023
Neoantigen prediction and computational perspectives towards clinical benefit: recommendations from the ESMO Precision Medicine Working Group L De Mattos-Arruda, M Vazquez, F Finotello, R Lepore, E Porta, J Hundal, ... Annals of oncology 31 (8), 978-990, 2020	122	2020
Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes MA Reyna, D Haan, M Paczkowska, LPC Verbeke, M Vazquez, ... Nature communications 11 (1), 729, 2020	114	2020
Text mining for drugs and chemical compounds: methods, tools and applications M Vazquez, M Krallinger, F Leitner, A Valencia Molecular Informatics 30 (6‐7), 506-519, 2011	113	2011
Quantification of miRNA-mRNA interactions A Muniategui, R Nogales-Cadenas, M Vázquez, X L. Aranguren, X Agirre, ... PloS one 7 (2), e30766, 2012	104	2012
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms M Ostaszewski, A Niarakis, A Mazein, I Kuperstein, R Phair, ... Molecular systems biology 17 (10), e10387, 2021	100	2021
Overview of the chemical compound and drug name recognition (CHEMDNER) task M Krallinger, F Leitner, O Rabal, M Vazquez, J Oyarzabal, A Valencia BioCreative challenge evaluation workshop 2, 2, 2013	77	2013
Overview of the CHEMDNER patents task M Krallinger, O Rabal, A Lourenço, MP Perez, GP Rodriguez, M Vazquez, ... Proceedings of the fifth BioCreative challenge evaluation workshop, 63-75, 2015	70	2015
MyMiner: a web application for computer-assisted biocuration and text annotation D Salgado, M Krallinger, M Depaule, E Drula, AV Tendulkar, F Leitner, ... Bioinformatics 28 (17), 2285-2287, 2012	63	2012
bioNMF: a web-based tool for nonnegative matrix factorization in biology E Mejía-Roa, P Carmona-Saez, R Nogales, C Vicente, M Vázquez, ... Nucleic acids research 36 (suppl_2), W523-W528, 2008	50	2008

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