Stein Aerts

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Coautores

Zeynep Kalender AtakResearch Associate at CRUK Cambridge Institute, University of CambridgeDirección de correo verificada de cruk.cam.ac.uk
Jasper WoutersSenior scientist disease bioinformatics @ Galapagos NV (Mechelen, Belgium)Dirección de correo verificada de glpg.com
Sara AibarVIB-KU LeuvenDirección de correo verificada de kuleuven.vib.be
Hana ImrichovaPostdoctoral FellowDirección de correo verificada de student.kuleuven.be
Yves MoreauUniversity of LeuvenDirección de correo verificada de esat.kuleuven.be
Kristofer DavieHead, Single Cell Bioinformatics Expertise Unit, VIB-CBD, KU LeuvenDirección de correo verificada de kuleuven.be
Delphine PotierCRCMDirección de correo verificada de cnrs.fr
Bassem HassanScientific Director and Team Leader, Paris Brain InstituteDirección de correo verificada de icm-institute.org
Georg HalderVIB and University of Leuven, BelgiumDirección de correo verificada de vib.be
Jan CoolsKU Leuven, VIBDirección de correo verificada de kuleuven.be
Diether LambrechtsLaboratory for Translational Genetics, Department of Oncology, VIB and KULeuven, Leuven, BelgiumDirección de correo verificada de vib-kuleuven.be
Bernard ThienpontLaboratory of Functional Epigenetics - KULeuven, BelgiumDirección de correo verificada de kuleuven.be
jelle jacobsPostdoctoral researcher IMPDirección de correo verificada de imp.ac.at
Bart De Stroopergewoon hoogleraar KU Leuven en onderzoeksdirecteur VIBDirección de correo verificada de cme.vib-kuleuven.be
Carl HerrmannProfessor of Bioinformatics - IPMB - Heidelberg UniversityDirección de correo verificada de uni-heidelberg.de
Mardelle AtkinsAssistant Professor, Sam Houston State UniversityDirección de correo verificada de shsu.edu
Michal DabrowskiAssistant Professor, Nencki InstituteDirección de correo verificada de nencki.gov.pl

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Stein Aerts

Professor @ University of Leuven; VIB Scientific Director & Group Leader

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Bioinformatics gene regulation single-cell regulatory genomics


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering S Aibar, CB González-Blas, T Moerman, VA Huynh-Thu, H Imrichova, ... Nature methods 14 (11), 1083-1086, 2017	3784	2017
Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment D Lambrechts, E Wauters, B Boeckx, S Aibar, D Nittner, O Burton, ... Nature medicine 24 (8), 1277-1289, 2018	1346	2018
Gene prioritization through genomic data fusion S Aerts, D Lambrechts, S Maity, P Van Loo, B Coessens, F De Smet, ... Nature biotechnology 24 (5), 537-544, 2006	1125	2006
iRegulon: from a gene list to a gene regulatory network using large motif and track collections R Janky, A Verfaillie, H Imrichová, B Van de Sande, L Standaert, ... PLoS computational biology 10 (7), e1003731, 2014	832	2014
A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis B Van de Sande, C Flerin, K Davie, M De Waegeneer, G Hulselmans, ... Nature protocols 15 (7), 2247-2276, 2020	769	2020
Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures A Stark, MF Lin, P Kheradpour, JS Pedersen, L Parts, JW Carlson, ... Nature 450 (7167), 219-232, 2007	717	2007
A single-cell transcriptome atlas of the aging Drosophila brain K Davie, J Janssens, D Koldere, M De Waegeneer, U Pech, Ł Kreft, ... Cell 174 (4), 982-998. e20, 2018	657	2018
Toward minimal residual disease-directed therapy in melanoma F Rambow, A Rogiers, O Marin-Bejar, S Aibar, J Femel, M Dewaele, ... Cell 174 (4), 843-855. e19, 2018	622	2018
Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON E Leucci, R Vendramin, M Spinazzi, P Laurette, M Fiers, J Wouters, ... Nature 531 (7595), 518-522, 2016	563	2016
Alteration of the micro RNA network during the progression of Alzheimer's disease P Lau, K Bossers, R Janky, E Salta, CS Frigerio, S Barbash, R Rothman, ... EMBO molecular medicine 5 (10), 1613-1634, 2013	499	2013
Exome sequencing identifies mutation in CNOT3 and ribosomal genes RPL5 and RPL10 in T-cell acute lymphoblastic leukemia K De Keersmaecker, ZK Atak, N Li, C Vicente, S Patchett, T Girardi, ... Nature Genetics, 2012	450	2012
p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity C Adriaens, L Standaert, J Barra, M Latil, A Verfaillie, P Kalev, B Boeckx, ... Nature medicine 22 (8), 861-868, 2016	436	2016
Decoding the regulatory landscape of melanoma reveals TEADS as regulators of the invasive cell state A Verfaillie, H Imrichova, ZK Atak, M Dewaele, F Rambow, G Hulselmans, ... Nature communications 6 (1), 6683, 2015	430	2015
Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly H Li, J Janssens, M De Waegeneer, SS Kolluru, K Davie, V Gardeux, ... Science 375 (6584), eabk2432, 2022	429	2022
GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks T Moerman, S Aibar Santos, C Bravo González-Blas, J Simm, Y Moreau, ... Bioinformatics 35 (12), 2159-2161, 2019	408	2019
cisTopic: cis-regulatory topic modeling on single-cell ATAC-seq data C Bravo González-Blas, L Minnoye, D Papasokrati, S Aibar, ... Nature methods 16 (5), 397-400, 2019	337	2019
ORegAnno: an open-access community-driven resource for regulatory annotation OL Griffith, SB Montgomery, B Bernier, B Chu, K Kasaian, S Aerts, ... Nucleic acids research 36 (suppl_1), D107-D113, 2007	318	2007
E ndeavour update: a web resource for gene prioritization in multiple species LC Tranchevent, R Barriot, S Yu, S Van Vooren, P Van Loo, B Coessens, ... Nucleic acids research 36 (suppl_2), W377-W384, 2008	278	2008
Toucan: deciphering the cis ‐regulatory logic of coregulated genes S Aerts, G Thijs, B Coessens, M Staes, Y Moreau, BD Moor Nucleic acids research 31 (6), 1753-1764, 2003	242	2003
Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data MWEJ Fiers, L Minnoye, S Aibar, C Bravo González-Blas, Z Kalender Atak, ... Briefings in functional genomics 17 (4), 246-254, 2018	223	2018

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