Anaïs Baudot

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Alfonso ValenciaICREA Professor. Barcelona Supercomputing Center.Dirección de correo verificada de bsc.es
Christine BrunCNRSDirección de correo verificada de inserm.fr
Tabares-Seisdedos, Rafael (ORCID: 0...University of Valencia (ROR: 043nxc105) - CIBERSAM (ROR: 009byq155) - INCLIVA (ROR: 059wbyv33)Dirección de correo verificada de uv.es
Elisabeth RemyDirectrice de Recherche, CNRS, Aix-Marseille UniversitéDirección de correo verificada de univ-amu.fr
Enrico GlaabUniversity of LuxembourgDirección de correo verificada de uni.lu
Kristina IbáñezSenior data scientist in genomicsDirección de correo verificada de qmul.ac.uk
Laurent TichitUniversité d'Aix-MarseilleDirección de correo verificada de univ-amu.fr
Alberto ValdeolivasRoche Pharma Research and Early Development, Basel, SwitzerlandDirección de correo verificada de roche.com
Jon Sánchez-ValleBarcelona Supercomputing CenterDirección de correo verificada de bsc.es
Héctor TejeroCentro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO)Dirección de correo verificada de cnio.es
Denis ThieffryProfessor of Systems Biology, Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), ParisDirección de correo verificada de ens.fr
Åsmund FlobakMD, MSc, PhD-Fellow, Norwegian University of Science and TechnologyDirección de correo verificada de ntnu.no
Gilles DidierInstitut Montpelliérain Alexander GrothendiekDirección de correo verificada de umontpellier.fr
Vera PancaldiCancer Research Centre of ToulouseDirección de correo verificada de inserm.fr
Laura CantiniChargé de Recherce CNRS, Junior Group Leader (G5) Institut PasteurDirección de correo verificada de pasteur.fr
Daniel MarbachRoche Pharma Research and Early Development, Basel, SwitzerlandDirección de correo verificada de roche.com
Aurélien NaldiInria, FranceDirección de correo verificada de inria.fr
Pooya ZakeriScientist @ VIB-KU Leuven Center for Brain & Disease ResearchDirección de correo verificada de esat.kuleuven.be
Céline HernandezI2BC / CNRSDirección de correo verificada de i2bc.paris-saclay.fr
Ozan OzisikInserm U976 HIPIDirección de correo verificada de inserm.fr

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Anaïs Baudot

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Systems and Networks Biology Bioinformatics Computational Biology


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EnrichNet: network-based gene set enrichment analysis E Glaab, A Baudot, N Krasnogor, R Schneider, A Valencia Bioinformatics 28 (18), i451-i457, 2012	341	2012
Assessment of network module identification across complex diseases S Choobdar, ME Ahsen, J Crawford, M Tomasoni, T Fang, D Lamparter, ... Nature methods 16 (9), 843-852, 2019	234*	2019
Random Walk with Restart on Multiplex and Heterogeneous Biological Networks A Valdeolivas, L Tichit, C Navarro, S Perrin, G Odelin, N Levy, P Cau, ... Bioinformatics, 2018	207	2018
Molecular Evidence for the Inverse Comorbidity between Central Nervous System Disorders and Cancers Detected by Transcriptomic Meta-analyses K Ibáñez, C Boullosa, R Tabarés-Seisdedos, A Baudot, A Valencia PLoS genetics 10 (2), e1004173, 2014	183	2014
No paradox, no progress: inverse cancer comorbidity in people with other complex diseases R Tabarés-Seisdedos, N Dumont, A Baudot, JM Valderas, J Climent, ... The lancet oncology 12 (6), 604-608, 2011	147	2011
Discovery of drug synergies in gastric cancer cells predicted by logical modeling Å Flobak, A Baudot, E Remy, L Thommesen, D Thieffry, M Kuiper, ... PLoS computational biology 11 (8), e1004426, 2015	119	2015
Benchmarking joint multi-omics dimensionality reduction approaches for the study of cancer L Cantini, P Zakeri, C Hernandez, A Naldi, D Thieffry, E Remy, A Baudot Nature Communications 12 (1), 1-12, 2021	107	2021
TopoGSA: network topological gene set analysis E Glaab, A Baudot, N Krasnogor, A Valencia Bioinformatics 26 (9), 1271-1272, 2010	96	2010
A molecular hypothesis to explain direct and inverse co-morbidities between Alzheimer's Disease, Glioblastoma and Lung cancer. J Sánchez-Valle, H Tejero, K Ibáñez, JL Portero, M Krallinger, ... Scientific reports 7 (1), 4474, 2017	86	2017
The functional landscape of Hsp27 reveals new cellular processes such as DNA repair and alternative splicing and proposes novel anticancer targets M Katsogiannou, C Andrieu, V Baylot, A Baudot, NJ Dusetti, O Gayet, ... Molecular & Cellular Proteomics 13 (12), 3585-3601, 2014	70	2014
Extending pathways and processes using molecular interaction networks to analyse cancer genome data E Glaab, A Baudot, N Krasnogor, A Valencia BMC bioinformatics 11 (1), 1-11, 2010	70	2010
Identifying communities from multiplex biological networks G Didier, C Brun, A Baudot PeerJ 3, e1525, 2015	67	2015
Interactome mapping of the phosphatidylinositol 3-kinase-mammalian target of rapamycin pathway identifies deformed epidermal autoregulatory factor-1 as a new glycogen synthase … F Pilot-Storck, E Chopin, JF Rual, A Baudot, P Dobrokhotov, ... Molecular & Cellular Proteomics 9 (7), 1578-1593, 2010	65	2010
The Gastrin and Cholecystokinin Receptors mediated signaling network: A scaffold for data analysis and new hypotheses on regulatory mechanisms S Tripathi, Å Flobak, K Chawla, A Baudot, JN Doni, N Skjøndal-Bar, ...	57	2015
A scale of functional divergence for yeast duplicated genes revealed from analysis of the protein-protein interaction network A Baudot, B Jacq, C Brun Genome biology 5 (10), 1-13, 2004	49	2004
Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters L Spinelli, P Gambette, CE Chapple, B Robisson, A Baudot, H Garreta, ... BioSystems 113 (2), 91-95, 2013	47	2013
Mutated genes, pathways and processes in tumours A Baudot, V de la Torre, A Valencia EMBO reports 11 (10), 805-810, 2010	43	2010
From cancer genomes to cancer models: bridging the gaps A Baudot, FX Real, JMG Izarzugaza, A Valencia EMBO reports 10 (4), 359-366, 2009	42	2009
Transcriptomic metaanalyses of autistic brains reveals shared gene expression and biological pathway abnormalities with cancer J Forés-Martos, F Catalá-López, J Sánchez-Valle, K Ibáñez, H Tejero, ... Molecular autism 10 (1), 1-16, 2019	36	2019
Interpreting molecular similarity between patients as a determinant of disease comorbidity relationships J Sánchez-Valle, H Tejero, JM Fernández, D Juan, B Urda-García, ... Nature Communications 11 (1), 1-13, 2020	31	2020

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